Het bestuursorgaan is de eigenlijke organisator van het onderwijs in De Negensprong. 

Het is verantwoordelijk voor het beleid en de beleidsvorming en schept de noodzakelijke voorwaarden voor een goed verloop van onderwijs.

De vzw Scholengroep Sint-Rembert wordt bestuurd door de Raad van Bestuur, hierin gemandateerd door de Algemene Vergadering. De voorzitter van het bestuursorgaan is de heer Michel Roggeman.

De hele scholengroep wordt geleid door de algemeen directeur, hierin gemandateerd door het schoolbestuur. De algemeen directeur van Scholengroep Sint-Rembert is mevrouw Ann Stael.

Voor het algemeen beleid en de vormgeving binnen het basisonderwijs van het bestuursorgaan is de coördinerende directie verantwoordelijk. Het coördinerend directieteam van scholgemeenschap Rembert Basis zijn mevrouw Katrien Delanghe en de heer Peter Savels.